人文社會科學

中亞文明與西向開放協同創新（培育）中心　　　　 

　　　　　 公司治理與管理創新研究中心　　　兵團屯墾經濟研究中心

新疆非物質文化遺產研究中心　　　　　　中國特色社會主義理論體系研究中心

　　　　　　棉花經濟研究中心　　　　　　　　農業現代化研究中心

石河子大學心理應用研究中心

工程科學

新疆特色果蔬貯藏加工教育部工程研究中心　　　　　　綠洲農業工程與信息化教育部工程研究中心

特色作物生產機械裝備國家地方聯合工程實驗室　　　　特色果蔬國家地方聯合工程研究中心

新疆兵團特色果蔬加工工程技術研究中心　　　　　　　材料化工工程技術中心

材料化工重點實驗室　　　　　　　　　　　　　　　　農產品加工工程重點實驗室

農業部西北農業裝備重點實驗室     氯堿化工清潔生產與產品高值化技術協同創新（培育）中心  

醫學科學

新疆地方性高發病國家國際科技合作基地　　　　　　　 西部地區高發人獸共患傳染性疾病防治協同創新中心

農學科學

　　　棉花生產技術現代化協同創新中心

動物健康養殖國際聯合研究中心